话说1000万年前，有一位“忍者神龟迷”，名叫逍遥游。他整天看着“忍者神龟”的漫画、影碟，连上厕所也不例外。有一天，他正坐在马桶上看“忍者神龟”漫画，忽然，书中的四个英勇的神龟蹦了出来，大声嚷嚷：“伙计，你好！但愿你没把这当成梦。”逍遥游一屁股陷在了马桶里，差点粘到屎。神龟们见状，摇摇头说：“哎，你运气真不好！像你这样，怎能拯救‘龟界’！”逍遥游丈二和尚摸不着头脑了：“什么什么！拯救‘龟界’，对不起，我不明白。”神龟们并没有正面回答，而是做了一下自我介绍。只见那个拿棍子的神龟说：“我是老大，名叫汤姆，那个拿剑的叫约翰，那个拿叉子的叫比尔，拿双节棍的叫杰瑞。”说着，没等逍遥游反应过来，就拉着他，带领着神龟们，来到了他们所谓的龟界。
神龟们带着逍遥游来到了一个被黑暗笼罩的世界，天空中不时的发出可怕地哭泣声。汤姆对逍遥游说：“这是我们的龟民们在悲伤地哭泣，他们被暴虐的‘齐王’统治了……以前，神龟星是一个富饶、和谐的星球。有一天，一个黑漆漆的‘牛头石’穿过大气层，重重地落在了这里，似乎是从宇宙黑洞方向而来。一些龟民认为这是一块‘不祥石’，便把它扔在了那座黑暗山里，据说它从前是一座死活山。又过了几百万年，一天，那座黑暗山突然爆炸了，一个身型怪异的外星人走了出来，那就是现在的齐王，他为了报复龟界人民，便在黑暗山安家，开始大肆屠杀龟民。我们四个，据说还有两人有幸逃了出来。”说完，汤姆哭了，神龟们也哭了，逍遥游很伤心，他明白了神龟们为什么让他来，是为了拯救龟界！忽然，一个声音打断了他们的思绪：“兄弟们，拯救龟界我也算上一个！哦，别忘了，我叫杜迪，见到你们我很高兴！”神龟们似乎也很高兴，走上前来，比尔兴奋的说：“我们也很高兴见到你！需要做个介绍吗？”杜迪摇摇头说：“不，不，不，我早就知道你们了。你好，逍遥游！”“哦……哦，你好！”逍遥游在一个陌生人面前表现得十分尴尬。最后，他们击掌大叫一声：“拯救龟界！”随后，汤姆、比尔、约翰、杰瑞、杜迪和逍遥游便踏上了拯救龟界的路程……